Projekt založili Kevin Systrom a Mike Krieger poté, co získali finanční prostředky. Původní projekt Burbn obsahoval řadu funkcí, nicméně po příchodu Mikea Kriegera se vývoj zaměřil pouze na mobilní fotografie, z čehož vzniknul Instagram. Aplikace se objevila v obchodě App Store společnosti Apple 6. října 2010, v obchodě Google Play společnosti Google 3. dubna 2012. 9. dubna 2012 oznámil CEO společnosti Facebook Mark Zuckerberg plán na akvizici Instagramu za odhadovanou částku 1 miliardy dolarů. V září roku 2011 byla v obchodě App Store uvolněna verze 2.0. Tento update přinesl uživatelům významné změny, jako například živé náhledy filtrů, okamžitou úpravu fotografií, několik nových filtrů, ukládání fotografií ve vysokém rozlišení, možnost zapnout nebo vypnout okraje fotografie, možnost otáčet fotografie a v neposlední řadě také novou ikonku aplikace. V prosinci 2013 Instagram, ve verzi 5.0, přidal funkci s názvem Instagram Direct, která umožňuje posílat fotografie vybraným uživatelům nebo skupině uživatelů, namísto veřejné viditelnosti. Tímto Instagram reagoval na stoupající oblibu služby Snapchat. V březnu 2016 změnil Instagram, ve verzi 5.1, design po vzoru iPhonů (takzvaný flat design).